Jean Léonardi naquit en 1541 à Diecimo, petit village de la République de Lucques, en Toscane (Italie). Il était le plus jeune des sept enfants d’une famille modeste, profondément chrétienne. Dès son enfance, il montra un esprit réfléchi, une grande bonté et un fort attrait pour la prière. Il grandit dans une atmosphère de foi, de travail et de solidarité familiale. À l’âge de 17 ans, son père le plaça en apprentissage chez un apothicaire à Lucques. Pendant près de dix ans, il se forma à la science des remèdes et des plantes médicinales. Il obtint plus tard le diplôme de pharmacien, profession qu’il exerça quelque temps. Mais, au milieu de son travail matériel, Jean sentait au fond de son cœur un appel plus grand : servir Dieu et soigner les âmes. Il dira plus tard : « Il faut soigner non seulement le corps, mais aussi l’esprit des hommes, car l’âme est le lieu où Dieu habite. »
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